澎湖列岛居台湾海峡的中枢，扼亚洲东部的海运要冲，被称为“东南锁匙”。

荷兰人此时并没有在意这些狭小的无人岛，岛上没有设防，明军进入澎湖的内湖之后便稍稍休整了一日，这时已是农历三月二十九日，根据何斌的航海图和郑成功获得的水文情报，大军要进入台湾岛，按照何斌给的航海图，则必须要经过鹿耳门，鹿耳门只有每个月的初一和十五涨潮的时候才能通过像明军船队中的这些大船，因此明军船队必须在四月初一这一天通过鹿耳门。

所以三月三十号的时候明军便离开了澎湖岛，全军向着东南方向的鹿耳门驶去了。

四月初一这天，台湾岛已经近在咫尺了，大军在涨潮时安全的通过了鹿耳门，郑成功担心荷兰人会派军截断大军后路，因此下令留派一支船队驻守鹿耳门，守住大军的生命航道。

明军一路十分顺利的在台湾南部登陆了，荷兰人此时在台湾岛上主要集中在两个城堡里面，一个是台湾南部的赤嵌城，一个是鹿耳门航道南部的热兰遮城（台湾城），郑成功并没有急着发动进攻，而是先让陆军在岸上休整了两日，然后兵分两路，水军战船游弋在热兰遮城和赤嵌城之间的大海湾内，将两座城堡之间的联系彻底切断，这时热兰遮城里面的荷兰军队早就得到了郑成功大军来袭的消息，他们本想凭借热兰遮城和赤嵌城的岸基火炮封锁住鹿耳门的航道，以阻挡明军进入大海湾，却不料明军走的并不是他们封锁的南海道，而是北边的废弃的航道，于是他们的封锁计划便落了空。

荷兰军队内部这时起了争执，一部分人叫嚣着要出兵主动进攻明军，趁着明军这时立足未稳之际一举歼灭明军，另外一部分人则主张将赤嵌城的军队撤到热兰遮城来，凭借热兰遮城的有利地形优势，固守待援。

此前几天，荷兰人的求援信件就随着一条前往巴达维亚的商船驶向了巴达维亚了。

其实如果荷兰人真的采取后一种坚守热兰遮城的办法的话，明军还真的不好打这一仗，好在荷兰人最后没有采取这一种办法，反而想要依靠热兰遮城的地理优势和对鹿耳门的水道封锁来阻挡明军，因此耽误了时间，赤嵌城里面的士兵并没有及时撤到热兰遮城里来就被明军一分为二，切断了两座城堡之间的海上航道。

此时摆在明军面前的首要任务就是尽快的攻下赤嵌城，赤嵌城并不是像今天这样的大城，比起中原常见的小县城的规模还要小，从面积上来看只能算是一座城堡，但是城墙修筑的十分坚固，四面都有炮楼，上面分别都装有大小口径的弗朗机炮，射程上面要比明军的红衣大炮稍微远一些，赤嵌城内驻有五百名荷兰士兵，还有四百多人的家眷。

郑成功派出水军战船从海上切断了赤嵌城的退路之后，赤嵌城的荷兰人大为惊恐，他们知道如果不能打通海上的通道，与热兰遮城取得联系的话，赤嵌城是绝对守不住的，于是在明军围城的第二天便派出了以赫克托号为主的三艘大小战船企图冲破明军海面防线。

热兰遮城见赤嵌城出动了战舰，于是连忙派出白鹭号，格拉佛兰号，玛利亚号等五艘战舰前来配合，企图两面夹击一举突破明军的封锁。

此时海面上的明军战舰有多大八十余艘，大多是3000——4000石重的大船，船上一般都装有十五到三十门火炮，水军将士另外装备有大口径的鲁密铳，这是一种近似于现在的散弹枪的一种近战火器。

郑军在镇将陈广、陈冲的指挥下，充分发挥明军数量优势，以五船一队，连成一线，组成一支支小队，穿插迂回，很快就将荷兰军队的战舰分割开来，两军展开了激烈的交战，荷兰士兵士气高昂，原以为明军士兵只是像巴达维亚那一带的土人一样，十分轻视，因此作战起来十分勇猛，两军一开始交战，荷兰人便凭借着火炮数量单对单优势，对明军水军造成了大量杀伤。